财政部、国家税务总局联合发布的《关于企业技术创新有关企业所得税优惠政策的通知》(财税[2006]88号)，对企业提取职工教育经费在计算企业所得税前的扣除标准作出了新的规定：从2006年1月1日起，对财务核算制度健全、实行查账征税的内外资企业、科研机构、大专院校等“当年提取并实际使用的职工教育经费在不超过计税工资总额2.5％以内的部分”，可在企业所得税前扣除。
与原规定相比，新的职工教育经费税前扣除政策有以下几点变化：
首先，明确了职工教育经费税前扣除政策的执行范围，即“财务核算制度健全、实行查账征税的内外资企业、科研机构、大专院校等”。
其次，一般内资企业、外商投资企业和外国企业提取的职工教育经费在企业所得税前的扣除比例从1.5％提高到2.5％。按照原规定，一般内资企业及外资企业提取的职工教育经费税前扣除比例为1.5％，而对“从业人员技术素质要求高，培训任务重，经济效益较好”的特殊企业可按2.5％的比例提取职工教育经费，并列入成本开支。新规定体现了国家鼓励企业加大职工教育投入，培养创新型人才，建设创新型国家的要求。
第三，职工教育经费从在规定比例范围内“提取”就可在税前扣除，变为必须在规定比例内“实际使用”才能在税前扣除。因此，企业按规定比例提取的职工教育经费在当年没有用完的部分，是不能在该年计算企业所得税前扣除的。这一变化有利于解决一些企业提取职工教育经费长期不使用，甚至挪作他用的问题，鼓励企业保持对职工教育的足够投入，保证国家推进企业技术创新的政策落到实处。
第四，统一了职工教育经费的计提基数。根据原规定，内资企业职工教育经费的提取基数为“计税工资总额”，而外商投资企业和外国企业职工教育经费的计提基数为“工资总额”。新规定则将允许税前扣除的职工教育经费的计提基数统一为“计税工资总额”，将职工教育经费在计算企业所得税前扣除的比例统一规定为2.5％，这有利于促进企业之间进行公平竞争。
这里，“工资总额”与“计税工资总额”是有区别的。“工资总额”是指企业实际发放的工资总额，按照国家统计局《关于工资总额组成的规定》(1990年国家统计局令第1号)，工资总额由计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资、特殊情况下支付的工资等六个部分组成。而根据《企业所得税暂行条例实施细则》第十一条规定：“计税工资，是指计算应纳税所得额时，允许扣除的工资标准。包括企业以各种形式支付给职工的基本工资、浮动工资，各类补贴、津贴、奖金等。”因此，计税工资总额就是税法允许的在计算企业所得税前扣除的工资总额。
《财政部国家税务总局关于调整计税工资扣除限额等有关问题的通知》(财税[1999]258号)规定，计税工资的人均月扣除限额为800元，个别省级地区经财政部和国家税务总局审定，可以上浮20％。另据《财政部国家税务总局关于调整企业所得税工资支出税前扣除政策的通知》(财税[2006]126号)，自2006年7月1日起，将企业工资支出的税前扣除限额调整为人均每月1600元，各省、自治区、直辖市人民政府在不高于20％的幅度内调增计税工资扣除限额的规定停止执行。
例：某企业2006年计入成本费用的实发工资为860万元、职工教育经费为21.5万元，职工教育经费实际开支为18万元。2006年该企业员工为500人，上半年当地计税工资标准为800元。计算该企业职工教育经费应调整的应纳税所得额。
该企业提取的职工教育经费税前扣除限额=500×(0.08×6+0.16×6)×2.5％=18万元。因该企业职工教育经费实际开支也为18万元，故应调增应纳税所得额=21.5-18=3.5万元。
如该企业职工教育经费实际开支为10万元，小于税前扣除限额，则应调增应纳税所得税额=21.5-10=11.5万元。
如该企业职工教育经费实际开支为19万元，大于税前扣除限额，则应调增应纳税所得额=21.5-18=3.5万元。
