对查补的增值税的账务处理，可参照《国家税务总局关于增值税一般纳税人发生偷税行为如何确定偷税数额和补税罚款的通知》（国税发[1988]66号）及《增值税日常稽查办法》（国税发[1988]44号）的有关规定进行处理。
《国家税务总局关于增值税一般纳税人发生偷税行为如何确定偷税数额和补税罚款的通知》（国税发[1988]66号）第二条规定：“关于税款的补征：偷税款的补征入库，应当视纳税人不同情况处理，即：根据检查核实后一般纳税人当期全部的销项税额与进项税额（包括当期留抵税额），重新计算当期全部应纳税额，若应纳税额为正数，应当作补税处理，若应纳税额为负数，应当核减期末留抵税额。”
《增值税日常稽查办法》（国税发[1988]44号）规定：“增值税检查调帐方法：增值税检查后的帐务调整，应设立”应交税金——增值税检查调整“专门帐户。凡检查后应调减帐面进项税额或调增销项税额和进项税额转出的数额，借记有关科目，贷记应交税金-增值税检查调整；凡检查后应调增帐面进项税额或调减销项税额和进项税额转出的数额，借记应交税金-增值税检查调整，贷记有关科目；全部调帐事项入帐后，应结出本帐户的余额，并对该余额进行处理：
1、若余额在借方，全部视同留抵进项税额，按贷方余额数，借记“应交税金-应交增值税（进项税额）”科目，贷记本科目。
2．若余额在贷方，且“应交税金-应交增值税”帐户无余额，按贷方余额数，借记本科目，贷记“应交税金，未交增值”科目。
3．若本帐户余额在贷方，“应交税金-应交增值税”帐户有借方余额且等于或大于这个贷方余额，按贷方余额数，借记本科目，贷记“应交税金？？应交增值税”科目。
4．若本帐户余额在贷方，“应交税金-应交增值税”帐户有借方余额但小于这个贷方余额，应将这两个帐户的余额冲出，其差额贷记“应交税金-未交增值税”科目。上述帐务调整应按纳税期逐期进行。“
