对单位取得的代扣代缴手续费收入,《财政部、国家税务总局、中国人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理得通知》（财行[2005]365号）规定，“三代”（代扣代缴、代收代缴、委托代征）单位所取得的手续费收入应该单独核算，计入本单位收入，用于“三代”
管理支出，也可以适当奖励相关工作人员。按照《中华人民共和国营业税暂行条例》的规定，企业取得代扣代缴个人所得税的手续费收入属于“服务业”征税范围，应按5%得税率缴纳营业税。同时，这项手续费收入不属于《企业所得税暂行条例》规定的免税范围，应依法缴纳企业所得税。
根据《国家税务总局关于印发〈个人所得税代扣代缴暂行办法〉的通知》（国税发[1995]65号）和财政部、国家税务总局关于个人所得税若干政策问题得通知》（财税[1994]20号）规定，扣缴单位将取得的代扣代缴个人所得税的手续费收入用于奖励代扣代缴工作做得较好得办税人员，个人因此而取得的代扣代缴税款手续费收入按规定暂免征收个人所得税。同时，对于储蓄机构内从事代扣代缴工作的办税人员取得的扣缴利息税手续费所得，按照《国家税务总局关于代扣代缴储蓄存款利息所得个人所得税手续费收入征免税问题的通知》（国税发[2001]31号）的规定，免征个人所得税。
