根据《营业税暂行条例》规定，建筑安装业务实行分包或者转包的，以总承包人为扣缴义务人。相关税法同时规定，总承包人在扣缴营业税的同时，还要一并扣缴城市维护建设税和教育费附加。 总承包人以从发包单位取得总收入扣减分包方合同收入后的余额确认为主营业务收入，总承包方在扣缴税款后，应该向税务机关提供分包协议等资料，要求开具代扣代缴完税凭证，代扣代缴完税凭证其中有一联次是分包人的，分包人可以据此开具发票（不再重复纳税）提供给总承包方，分包方和总承包方据此发票作为收入和支付凭证。因此，按照会计制度规定，总承包人在合并结算工程价款时，会计处理为：
借：应收账款（总包合同收入） 贷：工程结算（总包合同收入与分包合同收入之差，即自营收入） 应付账款（分包合同收入）
收到款项时 借：银行存款（实际收到款） 贷：应收账款（实际收到款）
开票确认收入和成本时 借：主营业务成本（自建成本） 工程施工———合同毛利 贷：主营业务收入（自营收入） 计提本单位主营业务税金及附加时（自营收入乘以相应税率） 借：主营业务税金及附加 贷：应交税金———应交营业税 应交税金———应交城市维护建设税 其他应交款———应交教育费附加
扣缴相关税费时（分包合同收入乘以相应税率） 借：应付账款 贷：应交税金———应交营业税 应交税金———应交城市维护建设税 其他应交款———应交教育费附加 转交扣缴税款凭证后，分包单位开来发票支付结算价款时 借：应付账款 贷：银行存款 分包单位应以开具发票的收入作为本单位的主营业务收入，并以扣缴税款完税凭证作为本单位的主营业务税金及附加支付凭证。
